Det är första gången som ett asiatiskt företag ligger etta på EPO:s lista "Top applicants".
Ericsson ligger kvar på nionde plats med 1 189 patentansökningar.
Inte heller Ericssonkonkurrenten, kinesiskqa Hawei har rört sig på EPO-listan utan ligger kvar på 17:e plats med 830 ansökningar.
Däremot har den kinesiska telekomkonkurrenten ZTE tagit ett jättekliv upp från 48:e plats 2011 till 10:e plats 2012.
Finländska Nokia har tagit ett kliv uppåt från 39:e till 38:e plats med 502 patent.
Ericssons tidigare partner Sony ligger på 13:e plats med 1 098 patent och Blackberryföretaget RIM på 14:e plats.
Amerikanska Apple ligger sist på 50-listan med 371 europeiska patentansökningar.
Samsung hävdar att företaget har fler patent än någon annan konkurrent när det gäller den nya mobilstandarden LTE/4G.
Samsung uppger att man har 1 177 LTE-patent - inräknat både för själva mobiltelefonerna och för basstationerna.
Det skulle innebära att vart tionde LTE-patent ägs av Samsung, enligt en uppgift i Ny Teknik.
Tvåa på den listan, som härstammar från analysföretaget Irunwave, är amerikanska Qualcomm medan Nokia hamnar på femte plats och Ericsson på sjätte.
Den mest dramatiska förändringen i den europeiska patenttoppen, bortsett från att Samsung gick om Siemens, är att Philips rasat från andraplatsen 2011 till 12:e plats 2012.
Se hela 50-listan här.
Läs EPO:s egen sammanfattning och analys av rekordåret 2012. (Länk)