About / Advertise
Svenska Mitrionics samarbete med datortillverkaren SGI har nu lett till en färdigförpackad produkt för biologer. Nu kan de jämföra gensekvenser snabbare och energisnålare än tidigare.Tack vare svenska Mitronics FPGA-programspråk Mitrion-C kan nu nu Blast-N exekveras betydligt effektivare.
Sökningen sker på en SGI-bladserver som kopplas samman med en modul med två stycken Xilinx Virtex4 LX200.
SGI:s och Mitrionics nya produkt kallas Rasc och är sexton gånger raskare än en 1,4 GHz Itanium 2-server, tio gånger raskare än en 2,8 GHz fyrkärnig Opteronserver och fyra gånger raskare än en 3 GHz fyrkärnig Xeonserver.
Det hävdar i alla fall Mitrion och SGI i ett pressmeddelande. Dessutom sägs energiförbrukningen per sökning bara vara en tiondel av den som Opteron- och Xeonutrustningen gör av med.
Produkten demonstreras i Boston idag, på en mässa för Bioinformatik.
Flera FPGA-kort kan användas parallellt – tekniken kan konfigureras både för enstaka stora Blastsökningar och för sammanhang där tusen biologer gör enklare sökningar parallellt – sådana söktjänster finns bland på webben för allmänt bruk.
Den som redan har en SGI-server kan uppgradera till ett FPGA-paket inklusive mjukvara för 30 000 dollar.
Blastberäkningar är en av bioinformatikvärldens viktigaste verktyg just nu. SGI och Mitrionics har samarbetat sedan 2004, även kring Blast. Det nya är produktpaketeringen i Rasc som gör det mycket enkelt att bygga en Blastdatabas.
Nästa steg för SGI och Mitrionics, är att erbjuda liknande färdigförpackade lösningar också till finansanalytiker, bildbehandlare, seismologer och kryptologer.
