JavaScript is currently disabled.Please enable it for a better experience of Jumi. Mitrionics genomsöker snabbast
ImageSvenska Mitrionics samarbete med datortillverkaren SGI har nu lett till en färdigförpackad produkt för biologer. Nu kan de jämföra gensekvenser snabbare och energisnålare än tidigare.
När en biolog hittar en ny gen i ett djur vill hon genast veta om samma gen också finns i andra djurs genom (arvsmassa). Hon kopplar upp sig mot en gendatabas och gör en sökning enligt en algoritm som heter Blast-N (Basic Local Alignment Search Tool for nucleotides).

Tack vare svenska Mitronics FPGA-programspråk Mitrion-C kan nu nu Blast-N exekveras betydligt effektivare.

Sökningen sker på en SGI-bladserver som kopplas samman med en modul med två stycken Xilinx Virtex4 LX200.

SGI:s och Mitrionics nya produkt kallas Rasc och är sexton gånger raskare än en 1,4 GHz Itanium 2-server, tio gånger raskare än en 2,8 GHz fyrkärnig Opteronserver och fyra gånger raskare än en 3 GHz fyrkärnig Xeonserver.

Det hävdar i alla fall Mitrion och SGI i ett pressmeddelande. Dessutom sägs energiförbrukningen per sökning bara vara en tiondel av den som Opteron- och Xeonutrustningen gör av med.

Produkten demonstreras i Boston idag, på en mässa för Bioinformatik.

Flera FPGA-kort kan användas parallellt – tekniken kan konfigureras både för enstaka stora Blastsökningar och för sammanhang där tusen biologer gör enklare sökningar parallellt – sådana söktjänster finns bland på webben för allmänt bruk.

Den som redan har en SGI-server kan uppgradera till ett FPGA-paket inklusive mjukvara för 30 000 dollar.

Blastberäkningar är en av bioinformatikvärldens viktigaste verktyg just nu. SGI och Mitrionics har samarbetat sedan 2004, även kring Blast. Det nya är produktpaketeringen i Rasc som gör det mycket enkelt att bygga en Blastdatabas.

Nästa steg för SGI och Mitrionics, är att erbjuda liknande färdigförpackade lösningar också till finansanalytiker, bildbehandlare, seismologer och kryptologer.
MER LÄSNING:
 
KOMMENTARER
Kommentarer via Disqus

Anne-Charlotte Lantz

Anne-Charlotte
Lantz

+46(0)734-171099 ac@etn.se
(sälj och marknads­föring)
Per Henricsson

Per
Henricsson
+46(0)734-171303 per@etn.se
(redaktion)

Jan Tångring

Jan
Tångring
+46(0)734-171309 jan@etn.se
(redaktion)