Företagets mikroskop kan användas både för att se atomer och för att flytta dem. Med ett traditionellt elektronikmikroskop kan man bara se atomerna och med ett svepsondsmikroskop kan man flytta på atomerna.
Nanofactorys instrument är i princip ett svepsondsmikroskop som monteras inuti ett befintligt elektronmikroskops provhållare. Sonden kan flyttas i steg om 0,23 Ångström, vilket ger en upplösning mindre än atomdiametrar. Tekniken bygger på ett piezoelektriskt material som ändrar form när en spänning läggs på.
Förtaget startade som en avknoppning från Chalmers 1999 och på kundlistan finns förutom universitet och forskningsorganisationer även halvledartillverkare.